Theo đánh giá của Viện nghiên cứu nguồn lợi thủy sản Việt Nam, tuy nước ta có hệ sinh thái biển phong phú, đa dạng, là nơi sinh sống và phát triển của nhiều loài thủy sản đặc hữu, quý, hiếm, trong đó có những loài không tìm thấy ở nơi nào khác trên thế giới. Nhưng hiện nay nhiều loài thủy sản quý, hiếm đang có nguy cơ bị đe dọa tuyệt chủng cao. Đó là rùa biển (vích, đồi mồi, quản đồng, rùa da, đồi mồi dứa), hiện cả 5 loài đều được đưa vào Sách đỏ Việt Nam.
Nguyên nhân làm các loài này suy giảm và đứng bên bờ tuyệt chủng là do việc khai thác của ngư dân bằng ngư cụ hủy diệt (xung điện, kích điện), hóa chất, sử dụng lưới mắt nhỏ, kích cỡ không đúng quy định… Tình trạng đánh bắt vào các vùng cấm, khai thác cả cá thể chưa lớn (cá, mực, tôm con) khá phổ biến, dẫn tới nguồn lợi càng suy giảm mà còn lãng phí tài nguyên. Việc xây dựng các đập thủy điện, các đê ngăn lũ… làm cản trở đường di cư của các loài thủy, hải sản.
Mặt khác, môi trường nước tự nhiên đang dần bị hủy hoại do nước thải từ thành phố, cụm dân cư, khu công nghiệp, làng nghề, các loại hóa chất dùng trong nông nghiệp đã tác động xấu tới sự sinh sản, phát triển của các loài thủy, hải sản. Quá trình phát triển, đô thị hóa, xây dựng các công trình ven biển, các hoạt động phát triển kinh tế – xã hội… cũng góp phần làm ô nhiễm nước, suy giảm chất lượng môi trường sống của các loài thủy sản. Làm thu hẹp, mất dần diện tích rừng ngập mặn, bãi cỏ biển, rạn san hô vốn là nơi sinh trưởng của các loài hải sản trong giai đoạn ấu trùng và con non.
Để bảo tồn các loài thủy sản đặc hữu, quý, hiếm, Nhà nước đã ban hành nhiều chính sách nhằm bảo vệ nguồn lợi thủy sản cũng như công tác bảo tồn, tái tạo các loài thủy hải, sản quý hiểm như: Luật Thủy sản năm 2017; Quyết định số 742 năm 2010 về quy hoạch, thiết lập 16 khu bảo tồn biển; Quyết định 1479 năm 2008 về quy hoạch, thiết lập 45 khu bảo tồn thủy sản nội địa; Nghị định số 33/2010 về quản lý hoạt động khai thác thủy sản; Thông tư 19/2018 hướng dẫn về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản…Mới đây nhất là Nghị định số 26/2019/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thủy sản 2017, trong đó có nội dung về quản lý loài thủy sản nguy cấp, quý hiếm…
Việc Nhà nước và các Bộ, ngành chức năng ban hành các chính sách đã giúp bảo vệ, tái tạo nguồn lợi thủy sản đang bị cạn kiệt, nhất là các giống, loài thủy, hải sản quý, hiếm có giá trị kinh tế và nghiên cứu khoa học; gắn với quản lý có hiệu quả các hoạt động khai thác thủy, hải sản nhằm phát triển ngành khai thác thủy sản bền vững, đồng thời giữ gìn tính đa dạng sinh học của tài nguyên sinh vật biển Việt Nam.
Tuy vậy, công tác bảo tồn các loài thủy, hải sản quý, hiếm ở Việt Nam còn nhiều hạn chế, do nhận thức của người dân còn thấp, nhiều người còn chưa biết cách nhận diện loài thủy, hải sản quý, hiếm. Một số địa phương đã triển khai các dự án bảo tồn, nhân giống nhưng mới thực hiện ở diện tích hẹp nên chưa đủ phạm vi để bảo vệ, hay bảo tồn loài vì các loài thủy, hải sản tự nhiên thường hoạt động trên vùng nước rộng.
Công tác cứu hộ các loài thủy, hải sản quý, hiếm cũng chưa được quan tâm thích đáng. Tình trạng người dân đánh bắt các loài thủy, hải sản quý, hiếm vẫn diễn ra tại nhiều địa phương, trong khi chế tài xử phạt việc buôn bán, sử dụng các loài thủy, hải sản quý, hiếm chưa đủ sức răn đe nên một số người vẫn có sở thích săn tìm các sản phẩm quý, hiếm này để làm thuốc hoặc làm vật trang trí.
Từ những năm 1990, được sự hỗ trợ của các tổ chức quốc tế, tại Vườn quốc gia Côn Đảo đã hình thành các khu vực bảo tồn rùa biển và bãi đẻ của rùa. Tổ chức Quỹ quốc tế bảo vệ thiên nhiên (WWF) phối hợp với Ban Quản lý Vườn quốc gia Côn Đảo triển khai hệ thống gắn thiết bị vệ tinh theo dõi đường di cư của rùa biển. Nơi đây hiện đã hình thành 16 khu vực để rùa đẻ trứng, với hơn 2.400 tổ, số rùa nở đã được kiểm soát và thả về biển hơn 197.000 con.
Qua thống kê cho thấy, số lượng rùa mẹ lên bãi đẻ trứng, số tổ trứng và số rùa con thả về biển tăng dần qua các năm. Cùng với Côn Đảo, nhiều địa phương cũng đã hình thành khu bảo tồn biển, trong đó có việc bảo tồn và phát triển các cá thể rùa biển như Vườn quốc gia Núi Chúa ở tỉnh Ninh Thuận, với tổng diện tích hơn 7.300 ha. Hàng năm có 3 loài rùa biển đến sinh sản là rùa xanh, đồi mồi và đồi mồi dứa. Tại Khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm đã lập trạm bảo tồn và cứu hộ rùa biển, giảm thiểu các tác nhân ảnh hưởng và gây tử vong cho rùa biển, cũng là nơi đầu tiên thực hiện bảo tồn chuyển vị rùa biển.
Ngoài rùa biển, mô hình bảo vệ các rạn san hô, là nơi quần tụ của các giống loài thủy sản cũng được tỉnh Bình Định triển khai. Năm 2017, Chi cục Thủy sản tỉnh Bình Định đã phối hợp với Trung tâm bảo tồn sinh vật biển và phát triển cộng đồng (MCD) triển khai Chương trình “Bảo vệ rạn san hô gắn với phát triển du lịch”, trong khuôn khổ của Dự án “Tăng cường khả năng phục hồi của cộng đồng ngư dân quy mô nhỏ và hệ sinh thái biển tại khu bảo tồn biển cấp địa phương tại Bình Định”.
Để bảo vệ các rạn san hô, UBND tỉnh Bình Định đã tiến hành khoanh vùng các khu vực cấm khai thác, đánh bắt hải sản bằng phương pháp hủy diệt, giã cào đáy tại rạn vùng tiếp giáp; không neo đậu tàu (trừ tàu du lịch) xả thải dầu nhớt tại các vùng bãi rạn và lân cận; tiến hành công tác khôi phục lại rạn – diệt các loài rong biển cạnh tranh với san hô, động vật ăn san hô, trồng các loại rong có ích tự làm sạch môi trường.
Mô hình của Dự án sử dụng kiến thức bản địa và xây dựng trạm cứu hộ các loài cá quý; phát triển các loài thủy sản quý, hiếm ở Khu bảo tồn đất ngập nước Láng Sen. Mô hình này cũng được triển khai phục vụ công tác cứu hộ loài cá quý, hiếm trên địa bàn tỉnh Long An và các địa phương lân cận.
Trạm cứu hộ các loài cá quý, hiếm được xây dựng trong khuôn khổ Dự án “Sử dụng tri thức địa phương để giám sát và hỗ trợ quản lý hoạt động đánh bắt thủy sản, chú trọng vào các loài cá quan trọng quốc tế là vồ cờ, trà sóc và tra dầu ở hệ thống sông Mê Công trên địa phận tỉnh Long An, Việt Nam”, do Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Phát triển nông thôn phối hợp với Ban quản lý Khu bảo tồn đất ngập nước Láng Sen triển khai, Quỹ đối tác về các hệ sinh thái trọng yếu (CEPF) tài trợ kinh phí.
Trạm cứu hộ được trang bị các bể xử lý bệnh, bể dưỡng, thiết bị hiện đại phục vụ cho công tác cứu chữa và điều trị bệnh cho cá trước khi thả lại tự nhiên, có 2 cán bộ có chuyên ngành thủy sản của Khu bảo tồn được phân công phụ trách trạm, một đường dây nóng phục vụ cho việc thông tin về phát hiện các loài quý, hiếm giữa người dân và Khu bảo tồn được thiết lập. Đồng thời, được thông báo rộng rãi đến cộng đồng và các cơ quan liên quan. Dự án cũng tổ chức các khóa đào tạo chuyên sâu cho cán bộ Khu bảo tồn về cách cứu hộ và điều trị bệnh cho cá.
Đề phục hồi, phát triển các nguồn gen giống, loài thủy sản quý, hiếm, theo ông Đinh Xuân Lập, Phó Giám đốc Trung tâm Hợp tác quốc tế nuôi trồng và khai thác thủy sản bền vững (ICAFIS): Cần rà soát, bổ sung và xây dựng mới các văn bản quản lý nhà nước về lĩnh vực bảo vệ các giống, loài thủy hải sản quý, hiếm. Trước mắt là các văn bản về quản lý các khu bảo tồn biển, khu bảo tồn vùng nước nội địa bảo đảm phù hợp quy định của Luật Thủy sản, Luật Đa dạng sinh học và thực tiễn của ngành, địa phương. Nghiên cứu, xây dựng cơ chế, chính sách khuyến khích sự tham gia của cộng đồng trong hoạt động bảo vệ tái tạo các giống, loài thủy, hải sản quý, hiếm.
Hàng năm nên thả bổ sung vào một số thủy vực tự nhiên các loài thủy sản bản địa, quý hiếm, loài có giá trị kinh tế và nghiên cứu khoa học nhằm khôi phục nguồn lợi, tăng mật độ quần thể của các loài thủy sản đã bị khai thác cạn kiệt, lập lại cân bằng sinh thái, ổn định quần xã sinh vật thủy sinh trong các thủy vực. Phục hồi một số hệ sinh thái điển hình như san hô, cỏ biển, rừng ngập mặn tại các vùng biển có điều kiện và có vị trí quan trọng trong việc bảo vệ nguồn lợi thủy sản. Thả rạn nhân tạo, tạo sinh cảnh, nơi cư trú, sinh sản và sinh trưởng của các loài thủy sản ở một số khu vực có điều kiện thuận lợi. Nghiên cứu, lựa chọn giống bố, mẹ và hoàn thiện quy trình sản xuất giống nhân tạo một số loài thủy sản có nguy cơ tuyệt chủng.
Mặt khác phải kiểm soát các hoạt động của tàu cá, nhằm bảo vệ nguồn lợi và môi trường sống của các loài thủy sinh trên các vùng biển. Nghiên cứu gắn chíp điện tử theo dõi sự di cư đối với một số loài động vật thủy sản có giá trị kinh tế và khoa học như rùa biển, cá ngừ đại dương…Đẩy mạnh công tác tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức cho ngư dân làm nghề khai thác thủy sản và thanh thiếu niên, học sinh các cấp tại địa phương ven biển về bảo vệ các loài thủy, hải sản quý, hiếm; đồng thời huy động các tổ chức xã hội và nghề nghiệp tham gia vào hoạt động bảo vệ tái tạo nguồn lợi thủy sản.