Theo kết quả thanh tra của Bộ Tài chính, trong các năm 2017 và 2018, trên địa bàn tỉnh Điện Biên còn nhiều doanh nghiệp kê khai quyết toán thuế tài nguyên với cơ quan thuế thấp hơn sản lượng khai thác báo cáo Sở Tài nguyên và Môi trường.
Theo đó, năm 2017, có bốn đơn vị là: Công ty Cổ phần Đầu tư xây dựng và quản lý đường bộ II, Doanh nghiệp Tư nhân xây dựng Minh Quý, Công ty TNHH đầu tư thương mại và dịch vụ Hoàng Anh, kê khai sản lượng khai thác đá làm vật liệu xây dựng với cơ quan thuế thấp hơn thực tế 32.970m3; Công ty TNHH Đầu tư Công nghiệp Tây Bắc khai thác than nâu, than mỡ đã khai báo cơ quan thuế thấp hơn thực tế 1.590 tấn.
Năm 2018, có ba đơn vị khai báo với cơ quan thuế sản lượng khai thác thấp hơn, gồm: Công ty TNHH xây dựng và thương mại Ngọc Dũng, khai thác đá, cát làm vật liệu xây dựng khai thấp hơn 7.045m3; Doanh nghiệp Tư nhân xây dựng Minh Quý khai thác đá làm vật liệu xây dựng đã kê khai thấp hơn 14.677m3; Công ty TNHH Ngọc Cương khai thác than nâu, than mỡ đã khai thác 240 tấn nhưng kê khai với cơ quan thuế là 0 tấn.
Thực trạng này đã làm thất thoát không nhỏ nguồn thu thuế tài nguyên khoáng sản của Điện Biên. Nguyên nhân chủ yếu là do việc phối hợp đối chiếu giữa hai cơ quan Sở Tài nguyên và Môi trường Điện Biên và Cục Thuế tỉnh Điện Biên chưa tốt.
Cũng trong hai năm 2017 và 2018, trên địa bàn tỉnh Điện Biên có thêm 21 doanh nghiệp được cấp phép khai thác khoáng sản nhưng không báo cáo sản lượng với Sở Tài nguyên và Môi trường; Sở Tài nguyên và Môi trường Điện Biên chưa thực hiện xử phạt vi phạm hành chính đối với các doanh nghiệp theo quy định; đồng thời, chưa có văn bản tiếp tục đôn đốc các doanh nghiệp gửi báo cáo số liệu về sản lượng khai thác để chuyển cơ quan thuế đối chiếu, xử lý.
