Dù không tập trung những mỏ khoáng sản có trữ lượng lớn, nhưng trên toàn địa bàn TP Hà Nội có nhiều khoáng sản giá trị như đá xây dựng, cát xây dựng, cát san lấp, sét gạch ngói, than bùn, puzolan…
Cụ thể, đá xây dựng được phân bố dọc theo ranh giới phía Tây, giáp với tỉnh Hòa Bình, khu vực Núi Voi của huyện Quốc Oai đến Mỹ Đức và một vài mỏ nhỏ thuộc huyện Sóc Sơn; cát phân bố tại lưu vực sông Hồng, sông Đà, sông Đáy, sông Cà Lồ đi qua các huyện: Sóc Sơn, Mê Linh, Đông Anh, Gia Lâm, Bắc Từ Liêm, Phúc Thọ; sét gạch ngói phân bố chủ yếu ở các huyện Sóc Sơn, Mê Linh, Quốc Oai và thị xã Sơn Tây; than bùn phân bố tập trung ở các huyện Mỹ Đức, Quốc Oai, Ba Vì…
Từ năm 2007 đến nay, trên địa bàn TP Hà Nội có 26 dự án được UBND TP Hà Nội cấp giấy phép khai thác khoáng sản. Trong đó, có 13 mỏ đã dừng khai thác gồm 5 mỏ khai thác đất, 1 mỏ than bùn, 5 mỏ khai thác cát và 2 mỏ khai thác đá bazan; 8 giấy phép chưa hoạt động khai thác kể từ khi cấp phép do chưa thực hiện xong thủ tục pháp lý về đất đai hoặc gặp khó khăn quá trình sản xuất kinh doanh gồm 7 mỏ khai thác cát và 1 mỏ khai thác puzolan; 5 mỏ vẫn đang hoạt động gồm có 1 mỏ khai thác đá bazan và 4 mỏ khai thác cát.
Theo báo cáo của UBND TP Hà Nội, trong quá trình khai thác, chế biến khoáng sản trên địa bàn, có một số dự án đã triển khai, số dự án dừng hoạt động khai thác, số dự án chấm dứt khai thác và đóng cửa mỏ, các đơn vị khai thác cơ bản đã chấp hành trình tự thủ tục phê duyệt dự án khai thác khoáng sản liên quan đến bảo vệ môi trường. Trong số 26 dự án khai thác khoáng sản tổng hợp, các dự án đều thực hiện lập báo cáo đánh giá tác động môi trường, cam kết về bảo vệ môi trường và an toàn lao động…
Để công tác quản lý Nhà nước về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản trên địa bàn TP Hà Nội đồng bộ hơn, UBND TP Hà Nội đã ban hành quyết định về việc công bố thủ tục hành chính mới, sửa đổi, thay thế trong lĩnh vực môi trường; tài nguyên nước; tài nguyên khoáng sản; khí tượng thủy văn; đo đạc bản đồ và viễn thám thuộc chức năng quản lý của Sở Tài nguyên và Môi trường (TN&MT). Trong đó có quy trình, thủ tục thẩm định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường, phương án cải tạo phục hồi môi trường bổ sung đối với hoạt động khai thác khoáng sản.
Đối với việc triển khai và thực hiện quy hoạch bảo vệ môi trường, trong đó có quy hoạch về bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản, UBND TP Hà Nội đã ban hành kế hoạch tăng cường công tác bảo vệ môi trường trên địa bàn TP Hà Nội đến năm 2020 và những năm tiếp theo. Trong đó, nhiệm vụ quy hoạch bảo vệ môi trường TP Hà Nội đến năm 2030 tầm nhìn đến năm 2050 thuộc danh mục các chương trình, dự án, đề án ưu tiên thực hiện.
Tính đến tháng 6/2018, trong tổng số 26 dự án khai thác khoáng sản tổng hợp trên địa bàn TP Hà Nội đều đã thực hiện lập báo cáo đánh giá tác động và cam kết bảo vệ môi trường. 27/27 dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường, đề án bảo vệ môi trường chi tiết hoặc giấy xác nhận cam kết bảo vệ môi trường.
Từ năm 2007 đến nay, trong số 27 cơ sở được UBND TP Hà Nội cấp giấy phép khai thác khoáng sản, có 24 cơ sở đã thực hiện việc kí quỹ bảo vệ môi trường. Trong đó, có 14 dự án đã hoàn thành việc kí quỹ, 10 cơ sở tiếp tục thực hiện kí quỹ, 3 cở sơ chưa thực hiện kí quỹ do chưa hoạt động khai thác.
Trong số 27 cơ sở được UBND TP Hà Nội cấp giấy phép khai thác khoáng sản có 25 dự án có phương án cải tạo, phục hồi môi trường được phê duyệt và thực hiện kí quỹ cải tạo, phục hồi môi trường theo quy định; 2 dự án chưa được phê duyệt phương án cải tạo, phục hồi môi trường, trong đó có 1 dự án chưa đi vào khai thác, 1 dự án đã ngừng hoạt động. Hiện trên địa bàn TP Hà Nội có 13 dự án đã kết thúc khai thác nhưng chưa thực hiện thủ tục đóng cửa mỏ.
Năm 2017, Sở TN&MT đã kiểm tra 21 cơ sở có hoạt động khai thác khoáng sản. Kết quả thanh tra, kiểm tra cho thấy, các cơ sở khai thác khoáng sản đều có báo cáo đánh giá tác động môi trường và cam kết bảo vệ môi trường đầy đủ, đồng thời với quá trình lập dự án khai thác khoáng sản. Đến nay, có 3 cơ sở chưa có dự án cải tạo, phục hồi môi trường được phê duyệt gồm: Công ty TNHH MTV Đầu tư Xây dựng và Khai thác mỏ Thịnh Phát, Công ty TNHH Bình Minh, Công ty Cổ phần Tập đoàn Xây dựng Du lịch Bình Minh. Hiện, chỉ có 6 cơ sở thực hiện quan trắc môi trường, còn lại các dự án khác đã thực hiện nhưng chưa đầy đủ.
Tuy nhiên, báo cáo cũng chỉ ra những bất cập, khó khăn, vướng mắc gặp phải trong việc quản lý bảo vệ môi trường, trong quá trình thực hiện có những bất cập về thủ tục môi trường như: tổ chức, cá nhân đang khai thác khoáng sản nhưng chưa có phương án phê duyệt hoặc chưa kí quỹ cải tạo, phục hồi môi trường, ngoài việc bị xử phạt vi phạm hành chính phải lập, trình phương án trước ngày 31/12/2016; thời gian để thực hiện phương án cải tạo phục hồi môi trường của các cơ sở khai thác khoáng sản là quá ngắn.
UBND cấp tỉnh tổ chức thẩm định, phê duyệt phương án đối với các dự án khai thác khoáng sản thuộc thẩm quyền UBND cấp tỉnh cấp giấy phép khai thác khoáng sản. Tuy nhiên, việc đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường và kế hoạch bảo vệ môi trường thì các dự án khai thác khoáng sản có quy mô từ dưới 50.000m3 nguyên khai/năm hoặc có 1.000.000m3 nguyên khối phải lập kế hoạch bảo vệ môi trường trình Sở TN&MT xác nhận. Do không được thông qua hình thức họp hội đồng thẩm định, nên việc đưa ra các giải pháp bảo vệ môi trường, cải tạo phục hồi môi trường trong nội dung kế hoạch bảo vệ môi trường sẽ không chính xác. Dẫn đến nội dung của phương án cải tạo, phục hồi môi trường sẽ không thống nhất với nội dung kế hoạch bảo vệ môi trường được xác nhận.
Thêm một bất cập trong quá trình thanh tra, kiểm tra là một số chủ dự án thay đổi địa chỉ đăng kí kinh doanh hoặc giải thể trong quá trình hoạt động, gây khó khăn trong quá trình thanh tra, kiểm tra đối với các dự án đó.
UBND TP Hà Nội cũng nêu rõ đề xuất kiến nghị với Bộ TN&MT sớm trình Thủ tướng Chính phủ kí ban hành nghị định gia hạn thời gian lập phương án cải tạo, phục hồi môi trường đối với các cơ sở chưa lập phương án và các cơ sở đã có phương án được phê duyệt nhưng có nội dung chưa phù hợp với quy định; việc thẩm định và phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường và phương án cải tạo phục hồi môi trường phải được thực hiện cùng cấp; việc thực hiện kí quỹ cải tạo phục hồi môi trường về số lần kí quỹ cần căn cứ vào tổng số tiền chủ đầu tư cần phải kí quỹ để chia ra số lần kí quỹ, số lần kí quỹ cần ít hơn để chủ cơ sở khó trốn tránh trách nhiệm kí quỹ khi đang khai thác và hoàn thành việc khai thác theo quy định.