Tăng trưởng trong nông nghiệp những thập kỷ qua ở Đông Nam Á và Việt Nam phải trả một cái giá khá cao, đó là ô nhiễm đất, nước, không khí.
Tại các khu vực trồng trọt thâm canh, nông nghiệp đã trở thành nguyên nhân chính gây nên ô nhiễm đất, nước và không khí. Hàm lượng thuốc sâu hoặc hóa chất quá mức trong thực phẩm cũng ảnh hưởng tới việc tiêu thụ các sản phẩm trong nước và tiếp cận thị trường quốc tế. Việc ô nhiễm trang trại ngày càng gia tăng và chưa được quan tâm đúng mức.
Thống kê của Ngân hàng Thế giới, khoảng 90% lượng nước thải sinh hoạt tại các đô thị của Việt Nam được xả thẳng ra môi trường mà không qua xử lý. Tình trạng này khiến các sông hồ tại các đô thị đã và đang trong tình trạng ô nhiễm trầm trọng. Một số nguồn gây ô nhiễm nước mặt khác đó là do sử dụng lượng phân bón, thuốc trừ sâu dư thừa trong sản xuất nông nghiệp.
Ô nhiễm nguồn nước gây ra nhiều thiệt hại về kinh tế. Nguồn nước ô nhiễm cũng khiến năng suất cây trồng bị giảm sút nghiêm trọng. Hiện vẫn còn 20% hộ dân trên cả nước phải dùng nguồn nước ao, hồ, kênh rạch bị ô nhiễm để phục vụ sinh hoạt.
Theo bà Laura Tuck, Phó Chủ tịch về Phát triển bền vững của Ngân hàng Thế giới, tăng trưởng nông nghiệp đóng vai trò quan trọng trong việc cải thiện an ninh lương thực và đưa hàng triệu người thoát nghèo đói ở khu vực Đông Nam Á. Tuy nhiên, sự tăng trưởng này cũng đi kèm với cái giá khá cao dẫn đến ô nhiễm đất, nước, không khí chưa từng có ở khu vực này. Đầu tư ngăn chặn và kiểm soát ô nhiễm là điều quan trọng để đảm bảo lợi ích từ phát triển nông nghiệp bền vững.
Các chính sách và biện pháp kiểm soát ô nhiễm (của các quốc gia Đông Nam Á trong đó có Việt Nam) trong nông nghiệp có thể nâng cao lợi nhuận từ sản xuất nông nghiệp. Khuyến khích sự phát triển của một ngành công nghiệp thực phẩm cạnh tranh khi nâng cao được sức khỏe của con người và môi trường.
Để cải thiện tình trạng ô nhiễm trong nông nghiệp ngoài việc ưu tiên các nguồn lực để xử lý ô nhiễm còn phải cấu trúc lại nền nông nghiệp, thay đổi mô hình sản xuất cho nông dân. Tại Việt Nam đã có các dự án nâng cao năng suất tôm đồng thời giảm ô nhiễm nước ở Đồng bằng sông Cửu Long. Mô hình áp dụng bể sinh học (biogas) trong hoạt động chăn nuôi và thúc đẩy việc sử dụng phân bón, hóa chất hợp lý hơn trong nông dân trồng lúa Đồng bằng sông Cửu Long đang được nhân rộng.
