ThienNhien.Net – Hệ thống sông Đồng Nai có độ dốc cao chính vì thế tiềm năng về thuỷ điện là rất lớn. Hiện trên hệ thống sông Đồng Nai có hơn 20 các công trình thuỷ điện đã và đang được xây dựng. Việc xây dựng ồ ạt các công trình thuỷ điện này khiến sông Đồng Nai đang phải gánh chịu những mối nguy lớn là lũ lụt, xâm mặn, ô nhiễm và mất cân bằng sinh thái. Các nhà khoa học cảnh báo, nếu không có một cơ chế chung trong vận hành các hồ chứa cũng như sự phối hợp chặt chẽ thì việc xây dựng ồ ạt các công trình thuỷ điện sẽ là mối hoạ khôn lường.
Hơn 20 công trình thuỷ điện hiện có trên hệ thống sông Đồng Nai thì có 6 công trình trên nhánh sông Bé, 5 công trình trên sông La Ngà và 9 công trình trên dòng sông chính Đồng Nai.
Theo nghiên cứu của các nhà khoa học, các loài cá trên sông Đồng Nai đang bị thu hẹp phạm vi phân bố do ảnh hưởng của việc xây dựng các đập thuỷ điện ở thượng nguồn khiến luồng di cư của chúng bị cản trở.
Trong báo cáo nghiên cứu của một số tổ chức về bảo tồn, trước đây người dân có thể khai thác đánh bắt cá mơn, cá trà sóc… ở khu vực hồ Dầu Tiếng và Trị An nhưng hiện nay những loài cá này không còn xuất hiện trên sông Đồng Nai. Bên cạnh đó, do ô nhiễm môi trường, do khai thác quá mức, do đô thị hoá, phát triển công nghiệp mà nhiều loài cá đã suy giảm mạnh như cá mòi đường, cá cháy nam…
Báo Công an nhân dân số 1730 ra ngày 22/05/2010 đã dẫn lời của Thạc sỹ Nguyễn Vũ Huy – Viện Quy hoạch thuỷ lợi miền Nam cho rằng: Việc quy hoạch các bậc thang thuỷ điện đang bị thay đổi một cách tuỳ tiện và không được xem xét hiệu quả tổng thể về cấp nước, phòng lũ, đẩy mặn và dòng chảy môi trường đã gây ảnh hưởng nghiệm trọng đến việc khai thác tổng hợp nguồn nước. Do các đập thuỷ điện đang được sở hữu quản lý bởi nhiều đầu mối nên việc phối hợp vận đang trở thành vấn đề cấp thiết, cần phải có một cơ chế quản lý, vận hành thống nhất trong việc điều tiết nguồn nước.
Vấn đề xâm nhập mặn ở phía hạ nguồn sông Đồng Nai đang diễn biến theo chiều hướng xấu gây nhiều lo ngại. Theo các nhà chuyên môn, tình trạng này một phần do nguồn nước phía thượng nguồn bị cạn kiệt, không đủ nước để đẩy nguồn mặn xuống xa phía hạ lưu.