Do khai thác bừa bãi các loại thuỷ hải sản và sự quản lý lỏng lẻo của cơ quan chức năng, vùng biển nằm trong dự án bảo tồn đa dạng sinh học tỉnh Kiên Giang đang bị xâm hại nghiêm trọng.
Chỉ trong những tháng đầu năm 2008, hàng trăm vụ khai thác đánh bắt tại vùng bảo vệ cho tôm cá sinh sản, lặn biển khai thác san hô, thậm chí còn dùng cả xung điện, chất nổ để đánh bắt cá bị phát hiện và xử lý.
Vùng biển Hàm Ninh – phía Nam huyện đảo Phú Quốc – bị xâm hại nhiều nhất. Tiếp đến là vùng biển cạn ven bờ chạy dài hơn 100km giới hạn từ An Minh đến Hà Tiên.
Riêng vùng biển Hàm Ninh, ngoài chỗ dựa sinh sản của rất nhiều loài hải sản như tôm, ghẹ xanh, hào, bào ngư còn là vùng duy nhất được xác định đang tồn tại thảm cỏ biển khá phong phú, chỗ dựa và cung cấp thức ăn cho loài Dugong (bò biển) thuộc loài động vật quí hiếm có tên trong sách đỏ, đang nguy cơ tuyệt chủng cao.
Theo ngành hải sản cho biết, nếu chỉ với biện pháp tuần tra, xử phạt nhắc nhở như vừa qua là không khả thi do ngư trường khá rộng, lưu lượng tàu thuyền nhiều nên không thể quán xuyến nổi.
Trong khi vừa qua, tỉnh Kiên Giang đã đầu tư gần 20 tỷ đồng để nghiên cứu, qui hoạch tôn tạo dự án. Vì vậy, biện pháp tốt nhất vẫn là tuyên truyền để bà con ngư dân, nhất là bà con ngư dân định cư trong vùng nhận biết tầm quan trọng lâu dài tính bền vững của dự án, để cùng nhau ra sức bảo vệ tốt hơn.