Nước là tư liệu thiết yếu trong sản xuất cũng như trong đời sống sinh hoạt, song đáng tiếc hiện nay, quan niệm về tài nguyên nước vẫn chưa trở thành hiện thực trong quá trình khai thác, sử dụng nói chung. Nước vẫn bị xem là của trời cho, bị sử dụng một cách tùy tiện, thậm chí xả hóa chất, rác thải ra nguồn nước. Có thể khẳng định nước chỉ được sử dụng tiết kiệm, chống lãng phí khi coi nước là tài sản quốc gia, đồng thời trong các hoạt động sản xuất kinh doanh phải trả tiền nước. Tài nguyên nước khi đó sẽ đem lại nguồn thu đáng kể cho quốc gia như ở nhiều nước trên thế giới.
Có thể nói, có khá nhiều công cụ kinh tế được áp dụng trong lĩnh vực quản lý tài nguyên nước. Ngoài các loại thuế, đang hình thành thị trường về giấy phép sử dụng nước. Trên thế giới, quyền sử dụng nước đã được đánh giá như quyền sử dụng đất bởi rõ ràng, nếu không có nước trên đất thì giá trị của đất sẽ thấp. Với việc hình thành thị trường quyền sử dụng nước, người có nhu cầu có thể được thừa kế, trao đổi, mua bán để thị trường này thúc đẩy việc sử dụng nước hợp lý, công bằng hơn.
Năm 2008, Cục Quản lý tài nguyên nước sẽ thực hiện rà soát lại toàn bộ các chính sách thu về thuế, phí, lệ phí liên quan đến thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, báo cáo lãnh đạo Bộ TN&MT, Bộ Tài chính xem xét quyết định đối với mức thu, danh mục các khoản thu.
Theo đó, Cục cũng sẽ tập trung xây dựng thuế sử dụng tài nguyên nước trong các hoạt động sản xuất kinh doanh và kiến nghị điều chỉnh mức thuế suất khai thác sử dụng nước thiên nhiên, gồm nước mặt và nước dưới đất, được quy định tại Thông tư số 42/2007/TT-BTC.
Cụ thể, nước sử dụng để sản xuất nước thiên nhiên tinh lọc, đóng chai, đóng hộp thu lại lợi nhuận cao, đối tượng phục vụ không phải là nông dân, người nghèo nên tăng.
Hiện nay quy định thuế suất 0% cho các mục đích khác sẽ không khuyến khích được ý thức sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả, Nhà nước lại mất một khoản thu không nhỏ trong các hoạt động sản xuất công nghiệp, xây dựng, kinh doanh dịch vụ. Vì vậy, Cục tài nguyên nước đề nghị điều chỉnh mức thuế suất này.
Thực ra việc tính mức thuế này không đơn giản vì khi vận hành theo nền kinh tế thị trường, việc tính đúng, đầy đủ giá trị của tài nguyên đóng góp trong việc sản xuất hàng hóa là bài toán phức tạp.
Tóm lại, đối với lĩnh vực tài nguyên nước, để phát triển hoạt động quản lý tài nguyên nước như một ngành kinh tế, thì thuế tài nguyên nước, định giá giá trị tài nguyên nước trong các hoạt động sản xuất kinh doanh là vấn đề cần được quan tâm nhất trong thời gian tới.