Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Quỹ Tái tạo Nguồn lợi Thuỷ sản Việt Nam sẽ được sử dụng tối đa 30% số vốn bổ sung hàng năm để thực hiện việc tài trợ và đồng tài trợ cho các chương trình tái tạo và ngăn ngừa suy giảm nguồn lợi thuỷ sản.
Quỹ sẽ tài trợ, đồng tài trợ cho các chương trình, dự án sản xuất, mua giống hoặc nhập công nghệ sản xuất giống; tạo các san hô thả xuống các vùng nước tự nhiên nhằm phục hồi nguồn lợi thuỷ sản; bảo vệ, bảo tồn các loài thuỷ sản quý hiếm đang bị đe doạ có nguy cơ tuyệt chủng.
Quỹ cũng sẽ tài trợ cho các hoạt động tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức về bảo vệ nguồn lợi và môi trường sống của các loài thuỷ sinh vật; khuyến khích sự tham gia của cộng đồng trong việc bảo vệ, tái tạo và ngăn ngừa suy giảm nguồn lợi thuỷ sản.
Quỹ còn tài trợ để xây dựng, thử nghiệm, phổ biến và nhân rộng các mô hình bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản; thiết kế các chương trình, dự án nhằm vận động sự tài trợ của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước tham gia.
Được thành lập theo quyết định của Thủ tướng, Quỹ Tái tạo Nguồn lợi Thuỷ sản Việt Nam là tổ chức tài chính nhà nước trực thuộc Bộ Thuỷ sản (nay thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn) và chịu sự quản lý nhà nước về tài chính của Bộ Tài chính.
Quỹ có nhiệm vụ huy động các nguồn tài chính trong và ngoài nước theo quy dịnh của pháp luật Việt Nam để tạo nguồn đầu tư cho bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản; bảo toàn, phát triển nguồn vốn điều lệ và bù đắp chi phí quản lý; hỗ trợ tài chính cho các chương trình, dự án và các hoạt động khác về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thuỷ sản mang tính quốc gia, liên ngành, liên tỉnh hoặc giải quyết các vấn đề về bảo vệ phát triển nguồn lợi cục bộ./.