Nguồn nước mặt, nước ngầm xung quanh các khu vực hoạt động khoáng sản được sử dụng làm nguồn cấp cho sản xuất nông nghiệp, sinh hoạt đang bị suy giảm về trữ lượng và ô nhiễm, suy thoái nghiêm trọng.
Nguyên nhân là từ những năm 80 đến nay, hoạt động khoáng sản phát triển mạnh nhưng quản lý không chặt chẽ, thiếu tổ chức. Các địa phương chưa có quy hoạch sử dụng khoáng sản phù hợp, nạn khai thác “thổ phỉ” tràn lan nên quá trình khai thác và đổ thải bừa bãi gây ô nhiễm môi trường, nhất là nước.
Trong khi đó, hoạt động khai thác khoáng sản đều dùng những thiết bị, công nghệ cũ, lạc hậu, chưa chú ý đến việc bảo vệ môi trường. Hầu hết các mỏ thiết kế và xây dựng từ những thập niên 60 – 70 với qui mô về sản lượng quặng, khối lượng đất đá thải ít hơn nhiều so với hiện nay. Sau quá trình khai thác 30 – 40 năm, các bãi thải được quy hoạch với quy mô nhỏ, chưa tính đến các biến cố về quá tải đối với các bãi thải. Một lượng chất thải rất lớn bao gồm chất thải rắn, nước thải, bùn thải hàng năm không được quản lý và xử lý gây ô nhiễm môi trường.
Để giải quyết vấn đề này, các mỏ cần có hệ thống xử lý các nguồn gây ô nhiễm cụ thể với từng trường hợp, có như vậy mới giải quyết tận gốc việc ô nhiễm nước mặt cũng như nước ngầm. Đối với nguồn nước chảy tràn qua khu mỏ, nước ngầm từ bãi chứa chất thải rắn thì cần xây dựng hệ thống mương thu gom nước dẫn về hồ chứa nước. Tại đây nước thải được xử lý bằng phương pháp hóa học (thông thường dùng bột vôi để trung hòa), sau đó kiểm tra độ pH, một số ion kim loại đạt tiêu chuẩn cho phép mới được đổ thải ra môi trường.
Trong trường hợp nước tháo khô mỏ, sau khi bơm tập trung vào hồ chứa để láng sơ bộ, một phần được bơm trở lại phục vụ sản xuất của mỏ (tuyển quặng, tưới ẩm,…), phần còn lại bơm lên bể xử lý bằng phương pháp hóa học, sinh học làm nguồn nước cung cấp cho nhu cầu sinh hoạt của khu mỏ. Nước thải sau khi tuyển quặng cần được thu ngay từ các xưởng, sau đó được lắng lọc cơ học, hóa học trong trường hợp cần thiết, bơm tuần hoàn trở lại cung cấp cho hệ thống tuyển khoáng.
Bằng các biện pháp sử dụng tuần hoàn các nguồn nước thải từ quá trình hoạt động khoáng sản nêu trên, hầu hết các nguồn thải có khả năng gây ô nhiễm môi trường nước trong khu mỏ đều được kiểm soát, vì vậy sẽ giảm thiểu được ô nhiễm môi trường nước trong khu mỏ và khu vực lân cận.