Lợi dụng đêm tối, vào lúc 0 giờ 15 phút ngày 12/11, 5 xà lan chở bùn thải từ khu vực Cảng Cái Lân đã trút đổ xuống sông Cửa Lục (cách cầu Bãi Cháy khoảng 300 m). Các phương tiện này đều do người có hộ khẩu thường trú tại Hải Phòng điều khiển. Hành vi vi phạm quy định về bảo vệ môi trường này đã được các lực lượng chức năng (Sở Tài nguyên-Môi trường, Thanh tra giao thông, Cảnh sát giao thông thuỷ) phát hiện, ngăn chặn. Số phương tiện vi phạm đã bị tạm giữ để điều tra làm rõ.
Khu vực Vịnh Hạ Long (kể cả vùng đệm), theo quy định phải được bảo vệ nghiêm ngặt về môi trường. Các hoạt động diễn ra trong khu vực không được gây và tác động xấu đến môi trường. Hành vi đổ bùn xuống sông Cửa Lục (thuộc vùng đệm) trong quá trình thi công các dự án là không thể chấp nhận được. Nó không chỉ gây bồi lắng lòng sông mà còn gây ô nhiễm môi trường nước trong khu vực. Việc làm coi thường pháp luật này phải được xử lý kiên quyết, nghiêm minh để làm bài học và có tác dụng răn đe, ngăn chặn đối với các tổ chức, cá nhân có ý định làm bừa.
Tình trạng khai thác san hô, chặt phá cây, dùng xung điện đánh bắt hải sản, xả rác thải, nước thải… xuống vịnh đã từng diễn ra. Một số vụ việc vi phạm đã bị phát hiện, xử lý. Tuy nhiên, các hành vi vi phạm quy định về bảo vệ môi trường của Vịnh Hạ Long vẫn còn diễn biến phức tạp. Tình trạng xả nước, rác thải ở các khu vực gần bờ còn diễn ra phổ biến. ý thức của người dân, trong đó có cả khách du lịch trong việc giữ gìn vệ sinh môi trường cho Vịnh còn hạn chế. Trong khi đó mặt vịnh thì rộng, lực lượng quản lý lại mỏng nên không thể bao quát hết được. Lợi dụng điều này một số đơn vị, cá nhân vẫn lén lút (thậm chí cả công khai) vi phạm.
Để ngăn chặn từ gốc các hành vi vi phạm thì điều quan trọng là phải nâng cao ý thức của người dân và các đơn vị có hoạt động sản xuất, kinh doanh trên Vịnh, bên bờ vịnh. Song song với đó phải kiên quyết xử lý thật nghiêm các hành vi vi phạm để người vi phạm nhớ đời và không tái phạm, làm bài học cho nhiều người khác. Cơ quan quản lý vịnh cần tăng cường lực lượng.