Đến nay, cả nước có 135 khu chế xuất, khu công nghiệp (KCX-KCN) đã được thành lập. Do nóng vội thu hút đầu tư, nhất là đầu tư nước ngoài, đặt tiêu chi “lấp đầy” lên hàng đầu và dành đất cho sản xuất là chính, nên phần lớn các KCX-KCN trong thời gian qua đã không quy hoạch đủ đất dành cho các dự án dịch vụ, hạ tầng kỹ thuật, phúc lợi xã hội, như nhà ở công nhân, trung tâm y tế, trung tâm sinh hoạt, trung tâm văn hóa, thể dục thể thao…
Đặc biệt, trong các dự án xây dựng đã chưa quan tâm đến vấn đề an toàn vệ sinh môi trường. Hệ thống xử lý chất thải, nước thải tập trung, hệ thống lọc khí, bụi và tiếng ồn tại các nhà máy trong KCX-KCN còn rất sơ sài và mang tính hình thức, đối phó. Sau thời gian hoạt động, vấn đề an toàn môi trường tại các KCX-KCN đã bộc lộ những bất cập, cần sớm được khắc phục. Tại Thành phố Hồ Chí Minh, trong tổng kết kinh nghiệm 15 năm xây dựng và phát triển các KCX-KCN trên địa bàn vừa qua, vấn đề an toàn vệ sinh môi trường đã được xem là một trong những yếu tố hàng đầu để phát triển bền vững, lâu dài các KCX-KCN.
Thực tế cho thấy, đối với các KCX-KCN đã xây dựng hoàn chỉnh cơ sở hạ tầng, có hệ thống xử lý chất thải, nước thải đều đã thu hút mạnh mẽ các doanh nghiệp vào đầu tư khá lớn. Điển hình như KCX Tân Thuận, ngoài chính sách đầu tư hấp dẫn, tại đây đã có nhà máy xử lý nước thải công nghiệp, công suất 10.000 m3/ngày đêm, nên đã thu hút mạnh mẽ các nhà đầu tư. Hiện nay, KCX Tân Thuận với diện tích 300 ha, đã thu hút được 165 nhà đầu tư nứoc ngoài, với tổng vốn đầu tư gần 900 triệu USD (chiếm gần 5% tổng vốn đầu tư nước ngoài vào các KCX-KCN trong cả nước). Diện tích đất cho thuê đạt gần 90%.
Ban quản lý các KCX-KCN Thành phố Hồ Chí Minh (Hepza) rà soát lại các dự án xây dựng tại các KCX-KCN. Đối với các nhà máy đã được xây dựng và đang hoạt động, Thành phố yêu cầu phải đảm bảo không gây ô nhiễm môi trường, phải xây dựng hệ thống xử lý nước thải công nghiệp tập trung đúng tiêu chuẩn quy định, nếu không thì có thể bị thông báo rộng rãi trên các phưong tiện thông tin đại chúng, đồng thời hạn chế kêu gọi các nhà đầu tư và trong trường hợp gây ảnh hưởng nghiêm trọng có thể bị buộc ngưng sản xuất. Đối với các dự án sắp triển khai, trong quy hoach xây dựng, ngoài phần đất cho hoạt động sản xuất kinh doanh, còn có phần diện tích tương xứng dành xây dựng hạ tầng kỹ thuật, công trình phúc lợi xã hội và hệ thống xử lý chất thải, nước thải tập trung.
Từ đầu năm 2007, nhiều KCN Thành phố đã nhận thức được tầm quan trọng của vấn đề vệ sinh môi trường trong hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp, đã đồng loạt xây dựng hệ thống xử lý chất thải, nước thải tập trung, như: KCN Hiệp Phước, Vĩnh Lộc, Tây-Bắc Củ Chi, Tân Thới Hiệp, Cát Lái 2, Bình Chiểu, Tân Phú Trung, Tân Tạo (mở rộng)…Ông Vũ Văn Hòa, Trưởng ban Hepza cho biết: Thành phố hiện đang rà soát lại cơ chế, chính sách về giá thuê đất trong các KCX-KCN, ưu tiên các dự án đầu tư vào các ngành công nghiệp sạch; có chính sách ưu đãi hợp lý cho các chủ đầu tư vào các lĩnh vực kỹ thuật, công nghệ cao, như cơ khí, điện tử, hóa chất…Thành phố cũng đang khẩn trương đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật để sớm đưa vào hoạt động như: KCN Tân Quy (800 ha), Tân Phú Trung (543 ha), mở rộng KCN Hiệp Phước (giai đoạn 2 và 3) trên tổng diện tích 1.600 ha, và chuẩn bị xây dựng một loạt các KCN dành cho các dự án công nghiệp sạch và công nghệ cao, như Cát Lái 2 (100 ha), KCN Phong Phú (163 ha), cụm cơ khí ô tô Hòa Phú (112 ha). Khu công nghệ cao thành phố cũng đang tiến hành bồi thường, giải phóng mặt bằng và xây dựng hạ tầng kỹ thuật giai đoạn 2 với tổng diện tích 572 ha, để thu hút các dự án đầu tư chủ yếu vào lĩnh vực công nghệ cao.