Một số chính sách, pháp luật về bảo vệ, khai thác tài nguyên – môi trường biển và ven bờ đã được ban hành. Bước đầu đã tập hợp được lực lượng cán bộ từ các ngành trong cả nước để tổ chức, xây dựng và thực hiện các chương trình điều tra nghiên cứu biển cấp Nhà nước và các nhiệm vụ quan trọng do Nhà nước giao.
Từ năm 2003, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã tập trung công tác kiểm tra, thanh tra các cơ sở gây ô nhiễm môi trường lưu vực sông và đã thống kê được danh mục tương đối đầy đủ các cơ sở là nguồn gây ô nhiễm chính trên ba lưu vực sông Nhuệ – sông Ðáy, hệ thống sông Ðồng Nai – Sài Gòn, sông Thị Vải. Các chương trình quan trắc môi trường lưu vực sông cũng được duy trì thường xuyên. Việc nghiên cứu đề xuất cơ chế quản lý môi trường lưu vực sông cũng được quan tâm.
Ðối với lưu vực sông Nhuệ – sông Ðáy, sau khi ký cam kết bảo vệ môi trường giữa các tỉnh trong lưu vực sông vào năm 2004, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp chặt chẽ các bộ, ngành, địa phương có liên quan, trong đó với UBND thành phố Hà Nội xây dựng Ðề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ – sông Ðáy, dự kiến trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt trong năm 2007; với UBND thành phố Hồ Chí Minh xây dựng Chương trình bảo vệ môi trường lưu vực sông Sài Gòn – sông Ðồng Nai và đã trình Thủ tướng Chính phủ; với UBND tỉnh Thái Nguyên xây dựng và trình phê duyệt Ðề án tổng thể bảo vệ và phát triển bền vững môi trường sinh thái cảnh quan lưu vực sông Cầu (theo Quyết định số 174/2006/QÐ-TTg ngày 28/7/2006 của Thủ tướng Chính phủ).
Hiện nay, chức năng, nhiệm vụ quản lý và bảo vệ môi trường biển đang bị phân tán, chồng chéo và bị bỏ trống; thiếu các văn bản quy phạm pháp luật để quản lý tài nguyên – môi trường biển; thiếu quy hoạch tổng thể tài nguyên – môi trường biển, làm cơ sở xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế ngành và lĩnh vực.
Ðối với quản lý môi trường lưu vực sông, vẫn chưa xác định rõ về phạm vi quản lý, chưa theo hướng quản lý tổng hợp mà vẫn theo ranh giới, địa giới hành chính. Các mâu thuẫn trong khai thác, sử dụng tài nguyên nước và vấn đề xả thải giữa các địa phương trong lưu vực chưa được giải quyết thỏa đáng; chưa có sự phân định rạch ròi về chức năng, nhiệm vụ quản lý giữa các cơ quan trung ương và giữa trung ương và địa phương. Thông tin, dữ liệu về quản lý biển, ven bờ và môi trường lưu vực sông còn rất hạn chế.
