UBND thành phố Hà Nội đã trả lời Bộ Khoa học & Công nghệ về việc đồng ý chọn Hồ Ba Mẫu làm nơi thử nghiệm trình diễn công nghệ khảo sát và xử lý bùn để đánh giá hiệu quả và chất lượng thực hiện. Theo đó, dự án “Phục hồi và ổn định bền vững hồ Hoàn Kiếm, Hà Nội” đã có bước tiến triển mới.
Ngày 22/12/2006, Bộ Khoa học & Công nghệ có Công văn số: 3440 gửi Chủ tịch UBND TP Hà Nội về việc triển khai thực hiện dự án hợp tác nghiên cứu với Đức, xây dựng dự án với tên gọi “Phục hồi và ổn định bền vững hồ Hoàn Kiếm”.
Dự án trên nhằm đo đạc xác định mức độ lắng đọng bùn cát trong lòng hồ, đánh giá môi trường, sinh thái trong hồ và vận hành thử nghiệm thiết bị hút bùn ngầm của Đức, từ đó đề xuất phương án khả thi nạo vét hồ cho giai đoạn sau. Dự án sẽ thực hiện hút một phần bùn trong lòng hồ để tăng thể tích nước, ổn định bền vững môi trường, sinh thái hồ, không làm thay đổi màu nước đặc trưng của hồ và không ảnh hưởng đến các sinh vật trong hồ.
Việc trình diễn công nghệ khảo sát và xử lý bùn sẽ được tiến hành thử ở một hồ khác trong Hà Nội để các cơ quan liên quan và các nhà khoa học đánh giá. Trên cơ sở đó, nhóm nghiên cứu sẽ có tờ trình để UBND TP Hà Nội xem xét quyết định cho triển khai hay không tại hồ Hoàn Kiếm.
Dự án nghiên cứu khả thi này kéo dài 2 đến 3 năm. Kinh phí chủ yếu từ phía Đức. Bộ Khoa học & Công nghệ sẽ cấp một phần tiền đối ứng. Theo phía Đức, trong năm 2007 sẽ hỗ trợ khoảng 1 triệu Euro cho triển khai dự án.
Ngày 19/03/2007 Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội Ngô Thị Thanh Hằng đã có công văn số 1432 trả lời Bộ Khoa học & Công nghệ nêu rõ: “Sau khi nghiên cứu, UBND TP Hà Nội thấy hồ Ba Mẫu có đặc điểm tương đồng với hồ Hoàn Kiếm. Việc thử nghiệm trình diễn công nghệ khảo sát và xử lý bùn nếu tiến hành tại đây sẽ giúp cho việc đánh giá hiệu quả và chất lượng của dự án trước khi chính thức làm tại hồ Hoàn Kiếm”.