Trả lời chất vấn trước Quốc hội tại kỳ họp cuối năm 2006, Bộ trưởng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ngậm ngùi gọi chương trình trồng mới 5 triệu ha rừng, một trong những chương trình, dự án trọng điểm của quốc gia là một chương trình "chỉ còn cái tên trên giấy".
Bởi, theo tiến độ hiện nay thì khả năng đạt mục tiêu trồng mới, khoanh nuôi tái sinh rừng đạt 5 triệu ha vào năm 2010 là “không thể thực hiện được”.
Đã quyết định, đã đổ hàng ngàn tỉ đồng vào chương trình này nhưng kết quả chỉ được giải thích bằng vài câu nói ngắn gọn, vài báo cáo sơ sài, quả thực không khiến ai yên lòng. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đưa ra một số lý do giải thích như những khó khăn về vốn, rồi tình hình thị trường đã thay đổi, hay nếu cố gượng ép đạt mục tiêu thì sẽ không đem lại hiệu quả… Nhưng một tài liệu về kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước về chương trình trồng mới 5 triệu ha rừng mà chúng tôi nhận được từ ông Vương Đình Huệ, Tổng kiểm toán Nhà nước ngày 02/01/2007 đã cho thấy những khuất tất, tiêu cực lớn trong quá trình đầu tư, giải ngân vốn ngân sách. Và đó cũng là một nguyên nhân cơ bản khiến chương trình này đã không đạt yêu cầu của Quốc hội. Theo Kiểm toán Nhà nước, hạn chế lớn nhất của dự án là “việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của ban điều hành dự án trung ương và các ban quản lý dự án địa phương chưa đạt hiệu quả cao”, dẫn đến tiến độ trồng rừng chỉ đạt 85% so với mục tiêu năm 2005 và đạt 52% so với mục tiêu năm 2010; khoanh nuôi tái sinh có trồng bổ sung đạt thấp nhất: chỉ đạt 13% so với mục tiêu năm 2010.
Cứ kêu nơi này nơi kia thiếu vốn nhưng qua kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước khẳng định là nguồn kinh phí do ngân sách trung ương hỗ trợ cho địa phương đã không được phân bổ hết, thậm chí còn phân bổ sai nội dung và đối tượng đầu tư. Nhiều khoản kinh phí từ ngân sách Trung ương đã bị chi tiêu sai mục đích, không biến thành những cánh rừng mới như mong đợi mà đã bị sử dụng để xây trụ sở, mua sắm ô tô. Theo thống kê, riêng các khoản chi vượt tỷ lệ kinh phí quản lý cho phép, đầu tư hạ tầng sai, chi khống, chi trùng lắp khối lượng là hơn 3,5 tỉ đồng. Số kinh phí của Trung ương bị lãng phí, tồn dư, sử dụng sai mục đích lên tới 182,3 tỉ đồng. Việc quản lý tài chính bừa bãi đến nỗi, Kiểm toán Nhà nước phải đưa ra nhận định: “Nguồn kinh phí và chi phí đầu tư hằng năm ở hầu hết các đơn vị đều không được theo dõi trên hệ thống báo cáo tài chính…”.
Một chương trình có ý nghĩa kinh tế-xã hội quan trọng như vậy, được Quốc hội và cử tri cả nước kỳ vọng lớn đến thế mà thất bại, không biết ai sẽ phải chịu trách nhiệm đây?