Theo nguyên tắc, lợi nhuận từ việc khai thác các loài bản địa phải được chia sẻ công bằng cho các bên có liên quan và một phần số tiền ấy phải được đầu tư trở lại cho công tác bảo tồn và phát triển nguồn gen loài đó. Song, thực tế ở nhiều nơi đang diễn ra ngược lại.
Theo GS Phạm Bình Quyền, Viện Môi trường và Phát triển bền vững, nguồn gen của Việt Nam chưa được kiểm kê đầy đủ và kiểm soát chặt chẽ nên thời gian qua đã có không ít tổ chức, cá nhân mang danh nghĩa nghiên cứu khoa học, du lịch lấy nguồn gen từ địa phương để kinh doanh hoặc tiến hành lai tạo giống mới vì mục đích thương mại cá nhân.
Tình trạng đáng cảnh báo là họ mang mẫu vật với số lượng ít ra khỏi biên giới như mang theo hành lý thông thường mà hải quan của ta chưa kiểm soát hết được hoặc chưa ý thức sâu sắc về vấn đề này. Một nguyên nhân khác là do trang thiết bị thiếu nên các nhà khoa học trong nước nhiều khi phải gửi mẫu vật ra nước ngoài để phân tích, định loại. Việc thất thoát nguồn gen dễ dàng xảy ra nếu thiếu những quy định rõ ràng về việc vận chuyển và lưu trữ mẫu.
GS Phạm Bình Quyền cho biết có rất nhiều loài mới ở Việt Nam lại do nước ngoài công bố và vật mẫu chuẩn thì nằm ở bảo tàng nước ngoài. Ông cũng lưu ý rằng cùng với sự phát triển của khoa học kỹ thuật ngay cả những loài rất phổ biến, hiện không có giá trị cao cũng có thể mang lại lợi ích lớn trong tương lai.
Trong xu thế hội nhập, chúng ta không thể hạn chế sự tiếp cận nguồn gen. Vì vậy, Việt Nam cần nhanh chóng hoàn thiện hệ thống pháp luật về vấn đề tiếp cận nguồn gen và chia sẻ lợi ích, đồng thời tuyên truyền để cộng đồng hiểu rõ việc bảo vệ nguồn gen bản địa chính là giữ gìn tài nguyên của đất nước và bảo vệ lợi ích của chính mình.