Một máy hút nhỏ sẽ lặn sâu dưới lớp trầm tích của Hồ Gươm và hút bùn từ bên dưới. Việc hút bùn được thực hiện lần lượt từng tiểu vùng. Sau 2 năm, toàn bộ Hồ Gươm sẽ được làm sạch.
Công nghệ cải tạo nước Hồ Gươm này được các nhà khoa học coi là giải pháp phù hợp nhất từ trước đến nay, cả về mặt khoa học lẫn tâm linh người Việt.
Tác giả của phương pháp này là giáo sư Peter Wener, người Đức, công tác tại Đại học Dresden. Ông từng tới Việt Nam 20 lần trong nhiều dự án giúp Việt Nam xử lý môi trường nước. Vốn yêu Hà Nội, mỗi sáng, vị giáo sư này dạo bộ 5 vòng quanh Hồ Gươm, từ đó ông nảy ra ý tưởng dùng công nghệ hiện đại để bảo tồn dòng lục thủy ngàn năm đang ô nhiễm và cạn kiệt từng ngày. Ý tưởng đã phát triển thành một dự án – được giới khoa học Việt Nam đánh giá là quy mô và phù hợp nhất từ trước tới nay – liên quan đến việc bảo tồn Hồ Gươm và loài rùa.
Các nhà khoa học Đức và Việt Nam đã bắt tay vào nghiên cứu, khảo sát sơ bộ Hồ Gươm để lên phương án công nghệ và lộ trình nghiên cứu. Đầu tiên, phía Đức dùng kỹ thuật địa chất thủy văn hiện đại khảo sát cấu trúc tầng bùn đáy của hồ, đánh giá chính xác thể tích và sự phân bổ tầng bùn để quyết định tiến trình hút bỏ bùn.
Theo tính toán của các nhà khoa học, Hồ Gươm dự kiến được chia thành nhiều tiểu vùng. Có thể ngăn cách giữa các tiểu vùng này bằng lưới sắt. Lưới từ trên cao chụp xuống, mở dần dần khi chạm đáy để lùa hết các loài thủy sinh ra ngoài lưới.
Thay vì dùng máy hút bùn sục thẳng từ trên xuống, một máy hút nhỏ sẽ lặn sâu dưới lớp trầm tích và hút từ bên dưới. Bùn theo đó sụt dần xuống một cách êm ái. Các loài thủy sinh sẽ không bị hút ra ngoài theo bùn. Toàn bộ số bùn này theo đường ống được đưa lên bờ, có thể làm phân bón hoặc ép thành bánh chở đi nơi khác.
Việc hút bùn chỉ thực hiện ở một tiểu vùng, sau 3 tháng sẽ thực hiện tiếp ở một tiểu vùng khác. Cứ như vậy trong vòng 2 năm, toàn bộ hồ sẽ được làm sạch. Trong vòng 3 tháng đó, nước từ các tiểu vùng còn lại cân bằng cho tiểu vùng vừa bị xáo trộn. 3 tháng cũng là thời gian để các nhà khoa học xem xét hệ sinh thái lòng hồ có thích ứng hay không. Trong thời gian hút bùn, cụ Rùa hồ Gươm sẽ được chăm sóc đặc biệt.
Theo tiến sĩ Bùi Học, chủ nhiệm bộ môn Địa sinh thái, Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Môi trường địa chất, ưu điểm của phương pháp này là không phải hút cạn nước hồ rồi mới nạo vét, bề mặt đáy hồ sẽ rất ít bị khuấy trộn, tránh gây đục nước, hạn chế hòa tan những chất độc hại có trong bùn gây ô nhiễm nước. Việc chia hồ thành các tiểu vùng nhỏ trong một thời gian thích hợp gây ra xáo trộn không đáng kể đối với hệ sinh thái của hồ.
Còn ông Lê Hùng Anh, Giám đốc một công ty về xử lý môi trường, nhận xét: “Tôi đã chứng kiến người Đức ứng dụng công nghệ này làm sạch nhiều hồ sinh thái của nước họ rất hiệu quả. Đây là công nghệ xử lý nước tiên tiến nhất của Đức hiện nay”. Ông Hùng Anh cho biết chiếc máy hút bùn dự định sử dụng ở hồ Hoàn Kiếm rất nhỏ nên không gây ồn, không gây chú ý, hoàn toàn có thể làm việc với máy cả ngày và đêm.
Bộ Khoa học Công nghệ đã đề nghị UBND TP Hà Nội thử nghiệm giải pháp trên tại một hồ có các đặc tính tương tự hồ Gươm. Hồ Ba Mẫu dự kiến được lựa chọn để thử nghiệm. Đối tác Đức tuyên bố tài trợ cho Việt Nam 1 triệu euro dành riêng cho việc quan trắc, nghiên cứu và thử nghiệm.